Bedford更新新冠病毒分子流行病学分析；关乎疫情走向，这三个突变株最为重要。。。

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关键词：COVID-19；分子流行病学；疫情走向

我们公众号经常发布美国病毒进化学家Trevor Bedford博士的研究报告，大家深深地被Bedford博士的专业和准确所折服。

Trevor Bedford博士于2022年4月18日更新了对于多种Omicron亚型的分子流行病学分析，非常重要。

这组推文共有17条的新冠病毒解析，关乎到今后几个月全球疫情的走向。

我们特做以解读。

1，Omicron传播快主要是由于免疫逃逸。

Omicron能够迅速成为全球流行毒株，除了它传播速度快，更重要的是它有显著的免疫逃逸，从而逃逸了之前毒株感染建立的体液免疫屏障。

不过，BA.2取代BA.1并不是因为免疫逃逸（决定免疫逃逸特性的S1亚基在BA.2和BA.1之前差异很小），而是单纯的因为BA.2传播更快，而BA.2的免疫逃逸甚至略低于BA.1。

传播速度更快、免疫逃逸更强，这将是未来新冠病毒新突变株的突出优势；

对于我们人类，则不得不做好“在未来某个时间与新冠病毒不期而遇”的准备。

（图源：Trevor Bedford博士的推特）

2，目前Omicron BA.2已经成为全球主流毒株。

不管是欧洲、亚洲、非洲，还是澳洲，目前的主流毒株都是OMicron BA.2。

Omicron BA.2也是在中国内地造成新一波疫情的主流毒株。

（图源：Trevor Bedford博士的推特）

3，Omicron BA.2会进一步进化，但只是较小的变化。

BA.2亚型仍在进一步发生分枝内的突变，由此已形成了21个子亚型，这些子亚型的病毒学特征与BA.2类似。

4，Omicron突变株最重要的是452突变。

新冠病毒新毒株的传染性和毒力都是由其突变位点决定的。

Bedford认为，目前新冠病毒突变株、尤其是Omicron重要亚型中最重要的是452突变，这个突变位点十分关键。

不管是纽约发现的BA.2亚型的子亚型BA.2.12.1，还是在南非发现且快速蔓延的BA.4和BA.5，都有452突变。

5，子亚型BA.2.12.1非常值得关注

因为它具有S704L和L452Q两个新突变，而众所周知，L452是Delta突变株的最关键突变，L452使Delta具有传播优势，因此具有L452的BA.2.12.1十分重要。

美国纽约州3月初BA.2.12.1只占检出病例1%，但到了4月初已经占到了18%。

美国麻省在3月初检出率1%，到了4月初为7%。

由此计算出BA.2.12.1的相对增长速度大约在0.06-0.11，比BA.2更快；这一增速也是BA.2相对BA.1的增长速度。

6，BA.4和BA.5更为复杂。

BA.4和BA.5也有和Delta完全一致的突变L452R（不是BA.2.12.1的L452Q），还具有F486V和回复突变Q493R。

BA.4和BA.5已经成为南非部分省的主流毒株

BA.4出现在去年发现Omicron的Gauteng，到4月为止BA.4已经占据了当地检出的60%；

而BA.5则在KwaZulu-Natal流行，到4月已经占据了当地的55%。

BA.4的相对增长速度大约为0.09，BA.5为0.11，与BA.2.12.1大致相同。

可见L452突变对于这3种亚型在分子流行上的影响具有相似性。

7，F486V突变可能会造成进一步的免疫逃逸

L452突变对病毒传播影响较大，但似乎对免疫逃逸影响较小；

相比之下，F486V这个突变可能会造成进一步的免疫逃逸。

Bedford预测，具有L452R/Q突变的BA.2.12.1，BA.4和BA.5等具有Omicron叠加Delta关键突变的毒株更有传播优势，因此有可能会成为今后的主要流行突变株；但也有可能Omicron其他突变亚型的出现会与携带L452R/Q的Omicron相竞争。

8，突变驱动着新冠病毒的宿主适应和抗原漂移

随着Omicron亚型进化的加剧，Omicron越来越表现出类似流感的抗原漂移的特征，毒力也趋于稳定或减弱，这种流行病学趋势越来越像季节性流感。

编者按：

1，

Omicron和原始野生型相比有32个Spike突变，从单碱基突变造成氨基酸突变的角度来看，这已经接近SARS-CoV-2进化的一种极限形式。

因此之前就有预测在今后很久的时间不会有其他VOC突变株出现取代Omicron，甚至Omicron会发生回复突变。

从Omicron流行5个月的分子流行病学数据来看，这一猜测确实是被逐渐验证的，目前新涌现的突变株都是Omicron基础上的突变亚型或Omicron与其他突变株的混合型。

2，

也许今后的病毒流行趋势就是Omicron+L452R/Q这种新亚型。

虽然这些新亚型依然不是SARS-CoV-2最终的稳定形势，抗原漂移会不断发生，但今后一段时间的情况可能是Omicron的一种具有传播优势的亚型（很可能只是由于一个氨基酸突变）逐渐取代下一种，进而形成流行小高峰。

3，

2020年初时流行病学建模预测很不准确。

而2022年每次对于毒株、亚型和疫情高峰时间的预测都很精确，这源于分子流行病学在疫情中的不断完善。

这一方面是因为对病毒突变、进化与传播特性的关系更明确，如452/478/484/501；一方面突变株流行病学参数数据越来越多，所以建模预测准确率越来越高。

小结：

1，Omicron+L452R/Q这类亚型可能是以后新冠病毒的主流毒株；其主要特点是：更高传染性和更强免疫逃逸；

2，Omicron + 突变株的流行病学趋势会更像季节性流感；而目前看其毒力和传染性显然仍远高于流感。

参考资料：

【1】 https://twitter.com/trvrb/status/1516147494010253318

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本期编辑：Henry，微信号healsan。

Hanson临床科研团队，由6位在美国的医生及医学科学家组成；目前在美国主要从事新药研发和临床科研。

作者：王宇歌博士，一直在美国从事病毒新药和疫苗研发。微博：子陵在听歌。

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